Sobre la afección que los peces cultivados tienen sobre la fauna marina propia de la Isla ya se han emitido diversos informes y opiniones negativas, especialmente en lo que se refiere la presencia de doradas y lubinas dentro de los límites de protección de la Reserva Marina de La Palma, lo que perjudica el éxito de un proyecto puesto en marcha para recuperar la biodiversidad de las costas palmeras. Sin embargo el capítulo sobre la situación en la que se encuentra el fondo del mar, pese a haberse puesto en conocimiento de las autoridades por parte de multitud de aficionados al buceo, no se ha analizado hasta ahora.
Debajo de las más de 20 jaulas en explotación (las que se han colocado por el momento), que han contado con el visto bueno de la Consejería de Agricultura del Gobierno de Canarias, tras conocer un informe previo sobre el impacto ecológico de la actividad, se están acumulando los restos que dejan los peces, tanto los que proceden de los piensos con los que se alimenta a los mismos, como de los excrementos que los millones de ejemplares en cautividad depositan en la zona, creando entre ambos una amplia área fangosa que está cubriendo el arenal que compone el extracto superior del fondo marino.
A los restos orgánicos y desechos de comida de los animales, que forman una capa blanca que cubre todo el fondo, se unen multitud de residuos derivados de un inadecuado manejo de los instrumentos necesarios para desarrollar la actividad en las jaulas, como cuerdas, cintillos, botellas de plástico y neumáticos de los barcos que operan junto a las estructuras.
Esta situación, según aseguran los propios buceadores, "ha propiciado una evidente alteración del ecosistema en esta zona. La calidad del agua se está viendo afectada por los restos orgánicos generados por la actividad. Además, cuando caen en las piedras, donde sale el musgo, evitan que los peces de la zona puedan comer". Así, apuntan, "casi ha desaparecido la fauna bentónica del fondo marino, desde las plantas hasta los abadejos, cabrillas, viejas o meros, en favor de la fauna pelágica de media profundidad, como las sardinas, caballas, vicudas y algún que otro depredador de mayor tamaño".